Gegründet wurde das Wuppertal Institut 1991 von Johannes Rau, damaliger Ministerpräsident von Nordrhein-Westfalen. Die Leitung übernahm Professor Ernst Ulrich von Weizsäcker. Professor Peter Hennicke leitete das Institut vom 1. November 2000 bis Ende Januar 2008. Amtierender Präsident und wissenschaftlicher Geschäftsführer ist seit März 2010 Professor Uwe Schneidewind.

Das Wuppertal Institut ist eine gemeinnützige GmbH, die ihre Grundfinanzierung vom Bundesland Nordrhein-Westfalen erhält. Den größten Teil des Budgets erwirtschaftet das Institut allerdings mit extern finanzierten Projekten. Das Institut versteht sich als Mittler zwischen Wissenschaft, Wirtschaft und Politik.

Oberbürgermeister Jung würdigte die Arbeit der national und international renommierten Einrichtung und stellte es als "Wahrzeichen von Wuppertal" auf eine Stufe mit Schwebebahn, dem Tanztheater Pina Bausch oder dem Zoo. "Das Wuppertal Institut agiert weltweit, hat einen exzellenten Ruf und trägt den Namen unserer Stadt in alle Welt. Darauf sind wir stolz!", sagte Jung in seiner Würdigung.