Eine wichtiger Auftrag des Europäischen Zooverbandes ist der Artenerhalt in Schutzgebieten. Insbesondere werden Gebiete unterstützt, wo die Verbindung von Projekten vor Ort mit Bildungs- und Aufklärungsmaßnahmen ineinander greifen. Das Ziel ist ein nachhaltiger Einfluss auf den Erhalt natürlicher Lebensräume.

Die Koordination des Europäischen-Ex-Situ-Programms (EEP) ist eine weitere wichtige Aufgabe. Auch über die Förderung der Zusammenarbeit von Zoos und Aquarien oder über die gemeinsame Erarbeitung tierschutzrelevanter Richtlinien, engagiert sich der Europäische Zooverband für eine kontinuierliche Verbesserung in der Zootierhaltung.