Die Kirchliche Hochschule Bethel wurde im Jahre 1905 von Friedrich von Bodelschwingh (1831-1910) als "Theologische Schule" gegründet. Die Kirchliche Hochschule Wuppertal wurde im Jahre 1935 von der Bekennenden Kirche gegründet. Die beiden Kirchlichen Hochschulen erhielten durch die staatliche Anerkennung am 1. November 1979 die vollen Rechte wissenschaftlicher Hochschulen, einschließlich des Promotions- und des Habilitationsrechts.

Mit der Gründung der neuen „Kirchlichen Hochschule Wuppertal/Bethel (Hochschule für Kirche und Diakonie)“ sind die akademischen Rechte beider Kirchlichen Hochschulen auf die neu entstandene Hochschule übergegangen. Seit dem 1. April 2009 sind die Arbeitsbereiche beider Standorte deutlich unterschieden: In Wuppertal liegt der Schwerpunkt der wissenschaftlichen Theologie in der Pfarramtsausbildung, den anderen theologischen Studiengängen und der theologischen Forschung; in Bethel liegt der Schwerpunkt in der berufsbegleitenden diakoniewissenschaftlichen Ausbildung des Masterstudiengangs Diakoniemanagement und des Promotionsstudiengangs Diakoniewissenschaft.

Der an der Kirchlichen Hochschule Wuppertal angebotene Studiengang ist Evangelische Theologie mit den sechs klassischen Disziplinen Altes Testament, Neues Testament, Kirchengeschichte, Systematische Theologie und Philosophie, Praktische Theologie sowie Missions- und Religionswissenschaft und Ökumenik (MRÖ), erweiternd wird regelmäßig ein Angebot im Bereich der Klassischen Altertumswissenschaft angeboten. Durch die Kooperationsvereinbarung mit der Bergischen Universität kann als zusätzliches Studienangebot auch auf Lehramt studiert werden (Evangelische Religion). Studienanfänger können in Wuppertal die für das Theologiestudium notwendigen Sprachen Hebräisch, Latein und Griechisch erlernen und haben einen direkten Zugang zu der auf dem Gelände des Theologischen Zentrums befindlichen Hochschul- und Landeskirchenbibliothek.

Zur Kirchlichen Hochschule in Wuppertal gehören das Biblisch-Archäologische Institut und das Institut für Septuaginta und biblische Textforschung.